A tipikus gasztroenterológiai kezelési területek a következők:
- Reflux betegség
- Gyomorfekély
- Májzsugorodás
- sárgaság (pl. hepatitisben)
- krónikus gyulladásos bélbetegségek (colitis ulcerosa, Crohn-betegség)
- az emésztőrendszer funkcionális rendellenességei (például ingerlékeny gyomor, irritábilis bél)
- az emésztőrendszer rákos megbetegedései (például gyomorrák, vastagbélrák)
Az ilyen betegségek diagnosztizálására a gasztroenterológus különféle vizsgálati módszereket alkalmaz. Ide tartozik mindenekelőtt a hasüreg ultrahangos vizsgálata, valamint az endoszkópos eljárások, mint a gasztroszkópia (gasztroszkópia), a kolonoszkópia (kolonoszkópia) és a laparoszkópia (laparoszkópia). Szükség esetén endoszkópia során kisebb beavatkozások is elvégezhetők. Például a gasztroenterológus szövetmintákat (biopsziát) vehet, eltávolíthatja a bélpolipokat vagy kitágíthatja a szűkült epeutak.