A anyatej, a kórokozók átterjedhetnek és a megfelelő betegséget okozhatják a gyermekeknél, a betegség lefolyásának különböző megnyilvánulásaival. Az egyik legfontosabb kórokozó ebben az összefüggésben az ember immunhiány vírus (HIV).
HI vírusok és HIV-1-fertőzöttek limfociták kimutatható az anya tej. A csecsemő fertőzését emellett elősegítik a mellbimbók gyulladásai és sérülései, amelyeken keresztül fertőző sebváladék ill. vér elmenekülhet.
Ha egy kezeletlen HIV-pozitív anya szoptat, a gyermekek becsült 10% -a fertőződik meg anyatej az élet első évében. A jó higiéniai előírásokkal rendelkező országokban (iparosodott országokban) ezek az anyák nem szoptathatnak, és a csecsemőket helyettesítő táplálékkal kell ellátni tej képlet.
Más a helyzet a rossz higiéniai előírásokkal rendelkező országokban (fejlődő országok). Itt a szoptatás pozitív aspektusai dominálnak, így a WHO (World Egészség Szervezet) javasolja, hogy az anyák szoptassák gyermekeiket a HIV-fertőzés ellenére. Antiretrovirális terápia elején kell kezdeni terhesség és a szoptatási időszak végéig folytatódott. Ha lehetséges, a babát az első hat hónapban kizárólag szoptatni kell. A posztnatális HIV-fertőzés kockázata ily módon a legalacsonyabb. Ezt követően megkezdődik a kiegészítő élelmiszerek bevezetése, és a szoptatás még legalább 12 hónapig folytatódik. A vizsgálatok szerint a fertőzés aránya a legnagyobb a részleges szoptatással. A szoptatás teljes megszüntetése a gyermek fertőzésének nagyobb kockázatával is jár, mint a kizárólagos szoptatás. Ennek oka lehet az oligoszacharidok anyatej. Továbbá a HIV antitestek kolosztrumban (kolosztrum) észleltek.
