Mivel melatonin elsősorban a CYP1A metabolizálja enzimek, kölcsönhatásba léphet vele szerek amelyeket szintén a CYP1A metabolizál vagy gátol.
A CYP1A inhibitorok közé tartozik ösztrogének formájában fogamzásgátlók és a hormonpótló terápia (HER) vagy a antidepresszáns fluvoxamin. A szimultán használata melatonin CYP1A-gátlókkal melatoninfelesleget eredményez. Nikotin a visszaélés viszont csökkenti melatonin szinten.
