Az izoflavonoidok molekuláris szerkezete hasonló a szteroid ösztrogénhez (női nemi hormon), ezért ezeket is nevezik fitoösztrogének. Hormonális aktivitásuk azonban 100-1,000-szeres mértékben alacsonyabb, mint az emlős organizmusban képződő ösztrogén. A női nemhez kémiai-szerkezeti hasonlóságuk miatt hormonok, izoflavonok étellel lenyelve kötődhet az úgynevezett 2-es típusú ösztrogénreceptorhoz, és blokkolja az endogén ösztrogén jelenlétében. Eszerint, izoflavonok a posztmenopauzás nőknél, akiknek alacsony az endogén ösztrogénszintje, több ösztrogén hatást mutatnak, míg a premenopauzás nőknél az izoflavonok antiösztrogén hatást fejtenek ki az ösztrogén receptorok blokkolásával.
